Dibawah yayasan As-Sakinah yang bergerak dalam bidang pendidikan, keagamaan, dan sosial Pesantren Hidayatulah Yogyakarta menjawab kebutuhan masyarakat akan pendidikan islam yang benar dan lurus.
Maka dari itu Pesantren Hidayatullah Yogyakarta memiliki visi untuk Menjadi institusi pendidikan dan perkaderan yang Amanah, Mandiri, dan Berpengaruh pada Terbangunnya Peradaban Dunia yang Islami.

Dalam langkah menyatakan Visi, Pesantren Hidayatullah Yogyakarta menetapkan beberapa Misi yang selaras dengan Visi tersebut.
Sebagai lembaga pendidikan yang mendidik generasi Unggul dan Berkualitas untuk melahirkan kader Ulama-Ilmuwan dan Hafidz yang Berjiwa Mujahid kami memiliki misi untuk Menyelenggarakan pendidikan yang Unggul dan Berkualitas untuk melahirkan kader Ulama-Ilmuwan dan Pemimpin yang Berjiwa Mujahid.
Tak hanya sampai disitu, kami juga memiliki misi yang selaras untuk terbuka dalam Membangun jaringan kerjasama sinergis tingkat nasional dan internasional untuk membangun peradaban dunia yang Islami.