Kepengurusan Pesantren
MTs-MA Hidayatullah Yogyakarta
Ust. Jundi Iskandar, Lc.
Mudirul Ma'had
Ust. Muhammad Rifki Saputra, S.Pd.I.
Kepala Madrasah
Ust. Muhammad Iqbal Alfani, S.Pd.
Kepala Kepengasuhan
Ust. Ilyas Nadhif, S.Pd.
Kepala Bagian Kurikulum dan Pengajaran
Ust. Alamsyah Arifin, S.Pd.I.
Kepala Bagian Kesiswaan
Ust. Fahmi Ahmad Najmuddin, S.P.
Kepala Bagian Keuangan
Ust. Ahmad Sudrajat Budiman, S.T.P.
Kepala Bagian Sumber Daya Manusia
Ust. Ilham Feriyanto
Kepala Koordinator Al-Quran
Ust. Khusnul Al Rif'at, S.Kom.
Kepala Bagian Humas
Ust. Muhammad Badawi
Kepala Bagian Sarana dan Prasarana
Ust. Oky Priana Wardana, S.E.
Kepala Bagian Tata Usaha
