Yayasan As-Sakinah Pesantren Hidayatullah Yogyakarta berikhtiar untuk menyelenggarakan pendidikan berupa Madrasah Tsanawiyah & Madrasah Aliyah Hidayatullah.

Dengan sistem pendidikan yang berbasis pada nilai-nilai tauhid, peserta didik diantarkan tidak hanya untuk memiliki keunggulan akademik (tsaqafah), tetapi, lebih jauh dan berharga, mereka dididik dan ditempa sedemikian rupa agar memiliki karakter (syakhshiyyah) yang unggul dan kokoh sesuai dengan nilai-nilai rabbaniyah yang telah diturunkan oleh Allah kepada para Nabi dan Rasul-Nya

Visi

Menjadi Institusi Pendidikan Dan Perkaderan Yang Amanah, Mandiri, Dan Berpengaruh Pada Terbangunnya Peradaban Dunia Yang Islami.

Misi

Menyelenggarakan pendidikan yang unggul dan berkualitas untuk melahirkan kader ulama-ilmuwan dan pemimpin yang berjiwa mujahid.

Membangun jaringan kerjasama sinergis tingkat nasional dan internasional untuk membangun peradaban dunia yang Islami.

Saliim al-‘aqiidah (memiliki aqidah dan visi hidup yang lurus berdasarkan Al-Quran dan Sunnah, sesuai pemahaman shahabat).

Mutsaqqaf al-fikr (memiliki ilmu yang mumpuni dalam bidang aqidah, syariah, dan sains).

Shahiih al-‘ibaadah wa matiin al-khuluq (mampu dan terbiasa beribadah dengan benar, serta berakhlak mulia sesuai tuntunan Rasulullah).